Η Καρδιοθωρακοχειρουργική Κλινική έχει ως κύρια αποστολή την παροχή υπηρεσιών υγείας σε ασθενείς με χειρουργικές παθήσεις της καρδιάς, των πνευμόνων, και του θωρακικού τοιχώματος. Η κλινική καλύπτει καθημερινά τις ανάγκες της καρδιολογικής, των πνευμονολογικών κλινικών, και των υπολοίπων τμημάτων του Νοσοκομείου. Επιπλέον, καλύπτει επί 24ώρου βάσεως τις επεμβατικές δραστηριότητες του Αιμοδυναμικού Εργαστηρίου για πιθανά επείγοντα περιστατικά.
Συμμετέχει στο πρόγραμμα γενικών εφημεριών του Νοσοκομείου ανά 4ημερο και είναι επιφορτισμένη με επιπλέον 2 εφημερίες ανά μήνα στα πλαίσια των γενικών εφημεριών του ΓΝΘ « Ιπποκράτειο»